معظّم له به درخواست مکرّر اهالی جهرم در سال 1336، به جهرم عزیمت نموده و بعد از مدتی مقدمات ساخت حسینیه‌ی کوی علی پهلوان جهرم را فراهم می آورد و آنجا به عنوان مرکز اصلی تبلیغات خود قرار داده و به دنبال آن اقامه‌ی جماعت مسجد صاحب الزمان (ارواحنا له الفداء) را تا زمان رحلت بر عهده داشتند. نامبرده پس از درگذشت آیت الله سیّد علی اکبر آیت اللهی و مدتی فاصله به دستور والد معظمشان، به اقامه ی نماز جمعه پرداختند و پس از پیروزی انقلاب شکوهمند اسلامی، از طرف امام خمینیw به این امر مهم منصوب گردیدند و تا آخر عمر عهده دار این مسئولیت بودند.
قابل ذکر است که محل اقامه‌ی نماز جمعه‌ی ایشان ابتدا در مسجد امام حسینg و سپس مسجد قبله ی دعا "مسجد امام خمینی کنونی" و بعد مصلی و جایگاه نماز جمعه‌ی فعلی بوده است. مرحوم آیت الله آیت اللهی با تأسی از مجاهدت‌های جد و پدر خویش ازابتدای نهضت امام با ایراد سخنرانی‌های کوبنده، یک تحول و انقلاب عظیم در جهرم و منطقه‌ی فارس به پا کرده که به دنبال آن چندین بار، توسط ساواک دستگیر و روانه زندان، از جمله زندان اوین تهران شده و هر بار پس از آزادی، مدت‌ها ممنوع المنبر می شوند.
از جمله خدمات ایشان تأسیس مدرسه‌ی علمیه‌ی امام خمینیw و احداث مکان نماز جمعه در جهرم می‌باشد.
این عالم گرانقدر سرانجام در پی بیماری در تاریخ 25/10/1379 در تهران به جوار رحمت الهی پیوسته و جنازه‌شان به جهرم انتقال و تشییع وصف ناشدنی از ایشان به عمل آمد و برادر گرامیشان امام جمعه‌ی محترم لارستان مجتهد عالیقدر آیت الله سیّد عبدالعلی آیت اللهی، بر جنازه‌ی ایشان نماز گذارد و در قبرستان رضوان در کنار قبور شهدا مدفون گردیدند.
اثر
"خزان العلم و اهل بیت الوحی" شرح و تفسیری از زیارت جامعه‌ی کبیره جلد اول، به سال 1377، انتشارات شهید مصلی نژاد جهرم.
تقریرات و آثار چاپ نشده
1. تقریرات درس خارج فقه آیت الله العظمی بروجردی(کتاب طهارت، خمس، قضا)
2. تقریرات درس خارج فقه و اصول امام خمینی (ره) در شش دفتر.
3. کتاب چهل حدیث در فضیلت مولای متقیان امام علی(ع).
4. دفاتر متعددی درباره‌ی بحث تفسیر زیارت جامعه‌ی کبیره، (ایشان این زیارت را به عنوان دایرة المعارف شیعه معرفی می‌کرده‌اند).
برخی مقالات و آثار دیگر
1. مقاله‌ی "زیارت جامعه‌ی کبیره" در ویژه نامه‌ی جان جهان، ویژه نامه‌ی نیمه‌ی شعبان، جشن‌های مسجد آیت الله انگجی تبریز به سال 1380.
2. مقاله‌ی "مادر امام زمان کیست؟ و از کجا آمده؟" در کتاب شمس ولایت، ویژه نامه‌ی نیمه‌ی شعبان، جشن‌های مسجد آیت الله انگجی تبریز، به سال 1381.
این مقاله به صورت زیراکس، در همین سال توسط واحد فرهنگی مدرسه‌ی علمیّه‌ی امام خمینیw جهرم انتشار یافت.
3. حدود 1500 نوار از ایشان به یادگار مانده که حاوی سخنرانی‌ها و ارشادات ایشان می‌باشد.
مجموعه‌هایی که درباره‌ی شخصیت ایشان نگاشته شده است
1. "آفتاب معرفت" شامل زندگینامه و وصیت‌نامه‌ی مرحوم آیت الله سیّد حسین آیت اللهی به سال 1379، انتشارات امید قم. این زندگینامه، به قلم حجت الاسلام سیّد علی میر شریفی بوده که ابتدا در تاریخ 5/11/1379 با عنوان "نخل بلند جهرم"، در روزنامه‌ی جمهوری اسلامی در شماره‌ی 6266 چاپ گردیده است. این مجموعه، همزمان با چهلمین روز ارتحال ایشان انتشار یافته است. که ما در نگارش این صفحات از این مجموعه بهره گرفته ایم.
2. "سیّد دلها" یادنامه‌ی حضرت آیت الله حاج سید حسین آیت اللهی، به سال1380، انتشارات شهید مصلی نژاد که، همزمان با سالگرد ارتحال ایشان انتشار یلفته است.
3. مجموعه‌ی 56 صفحه‌ای به نام "اسناد ساواک در رابطه با مبارزات مرحوم آیت الله حاج سیّد حسین آیت اللهی"، به صورت زیراکس توسط مؤسسه‌ی فرهنگی شهید مصلی نزاد جهرم.